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随着农村经济的快速发展，农村环境污染和生态破坏问题日显突出，农药、化肥、农膜污染加剧，秸秆焚烧、污水灌溉和养殖业污染日趋严重。农业生态系统退化，植被破坏、水土流失，已成为影响农村社会经济可持续发展的重要因素。
农村生态环境保护工作应以全新的管理理念，完善农村环境基础建设，以健全的资金投入渠道，加强农村集居地的环境建设；以适宜的产业政策，促进乡镇企业合理优化等级；以先进的生态农业技术，改善耕地的环境质量，提高农产品的安全性能。最终形成一个以现代农业、优美自然风光为家园的生态良性循环、人与自然和谐共处的新农村。
发展生态农业
合理利用农业资源。以保护耕地为重点，对农田环境质量开展全面监测，对重点污染区域进行改良和整治；对荒地开垦、滩涂围垦实行环境影响评价，保持耕地总量和质量；根据地区特色，建设有机食品、绿色食品及无公害食品的生产基地。
科学合理利用水资源，改变传统农业的灌溉方式，引进节水农业，推广滴灌、渗灌等先进技术。发展节水农业，减少有机氮肥在田间水中的份额，降低氮磷对水体的污染负荷。
建设沃土工程模式。以改良土壤和加强农田林网建设为核心，科学平衡施肥施药，改进耕作方式，营造农田景观林、防风林，提高土地产出效率，建设良好的农作小环境，为种植业发展提供基础保障。
加强对耕地治理，根据不同的应用目的，建设蓄积自然降水、减少水土流失、增加土壤有机质含量等耕地工程，为种植业发展提供保障。
建设立体复合模式和资源循环模式。根据各种生物的生物学特征和生物之间的互利共生关系，有机合理开展农业生产，使处于不同生态位的生物更加充分的利用太阳能、水分和矿物质营养元素。
病虫害生物综合防治。坚持“预防为主，综合防治”的植保方针，以病虫害为纽带，以减少农药用量为切入点，以种植健康农作物为目标，根据病虫害与作物、耕作制度、有益生物及环境之间的相互关系，加强科学技术推广，因地制宜地引进有益生物种类，开展花卉、蔬菜等的病虫害生物综合防治，为开发绿色农产品奠定基础。
[page] 建设生态村镇，完善基础设施
生态村建设。有计划、有步骤推进生态村建设，加大农村环境整治力度。结合“百村示范、千村整治”工程，按照相对集中、布局合理、设施配套、整齐美观的原则要求，努力建设一批布局优化、设施完备、环境整洁优美的全面小康新农村。因地制宜，建设各具代表性的生态村创建模式。
基础设施建设。结合生态村创建、“百村示范、千村整治”工程，重点抓好农村生活垃圾和生活污水的处理工作。建设完善农村排水系统，近郊的农村和社区，应建立比较完善的雨污分流污水收集系统，接入城镇污水收集管网，远郊乡村暂时没有条件的要因地制宜，集镇区规划建设工厂化污水处理厂或地埋式生活污水无动力厌氧处理装置或集中式沼气池，污水发酵处理后还田。
饮用水源保护。结合“十百工程”，完善农村给水系统，加快对农村给水管网的建设，形成分片统一、城乡一体的给水系统，提高农村饮用水质量，确保农村饮用水卫生合格率和自来水普及率100%。严格按照《杭州市生活饮用水源保护条例》，加强乡村集中和分散的饮用水源保护。
重视饮用水源地保护。以山塘水库为自来水供水水源的村落，要规范村民农业生产行为，防止水库受到农业面源和水土流失等污染。以分散的山泉为供水水源的村落，要确保山泉汇水区没有重金属矿开采和农药化肥流失。乡镇政府要加强农村改水工作，加强指导和宣传教育，提高农民饮用水安全性。
开展农村环境综合治理
小流域治理。以山区小流域为建设对象，根据不同的坡度等地形条件，建设蓄积自然降水和防止水土流失的工程，为植树和种草提供适宜的地形。具体内容包括修建鱼塘池坑、植树、种草等。自然降水蓄积率应达到70%以上，林草覆盖率应达到50%以上。按照“流畅、水清、岸绿、景美”的整治要求，开始启动农村河道的清淤清障工作。
治理“青山白化”。结合“1250”工程和“十百工程”，实施“生态墓区”工程，合理规划建设农村公益性墓区，彻底清除“青山白化”。
农村农业面源污染防治。严格执行国家、省、市关于加强养殖业污染防治工作的有关规定，做好禁养区管理工作，在禁养区范围内禁止新建和扩建规模化养殖场，逐步关停转迁现有养殖场。提倡畜禽生态养殖，做好现有规模化养殖场废弃物排放综合利用，确保粪便资源化利用和污水排放达标率为100%。
农副产品加工业的污染治理。通过农业结构调整，淘汰污染较重的农副产品；实施农副产品加工业的清洁生产；对屠宰、酿造、腌制、保鲜等加工业的末端污染治理实现监督管理，实施排污许可证和污染物总量控制等制度。综合处置固体废弃物，外排废水必须经达标处理后排放。
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